Ứng dụng đầu tiên của phòng sạch là trong lĩnh vực y tế, các công trình ban đầu được nghiên cứu và phát triển bởi Pasteur, Koch, Lister và các nhà sinh học tiên phong khác đã chỉ ra rằng: sự nhiễm khuẩn là nguyên nhân của nhiều căn bệnh, mà một trong những nguyên nhân chính của sự nhiễm khuẩn là sự mất vệ sinh trong môi trường.
Vào những năm 1860, lần đầu tiên Joseph Lister – một giáo sư ở Đại Học Tổng Hợp Glasgow đã phát triển một hệ thống phòng khép kín nhằm hạn chế các loại bụi bẩn, chống sự nhiễm khuẩn ở Viện xá Hoàng Gia Glasgow – Royal Infirmary, là một Viện xá được thành lập bởi trường Đại Học Glasgow, hiện nay đổi tên thành Glasgow Western Infirmary. Đây được xem như là phòng sạch đầu tiên trên thế giới, tuy nó còn đơn giản và sử dụng các thiết bị thô sơ nhưng đã đánh dấu cho bước đầu của ngành công nghiệp sử dụng phòng sạch.
Tuy nhiên phòng sạch hiện đại thực sự được phát minh vào giữa thế kỉ 19 bởi nhà vật lý người Mỹ Willis Whitfield. Là nhân viên của Phòng thí nghiệm Quốc gia Sandia , Whitfield đã lập các kế hoạch ban đầu cho phòng sạch vào năm 1960. Trước phát minh của Whitfield, các phòng sạch trước đây thường gặp vấn đề với các hạt và luồng không khí không thể đoán trước . Whitfield đã thiết kế phòng sạch của mình với luồng không khí được lọc liên tục để loại bỏ tạp chất. Trong vòng vài năm kể từ khi được phát minh vào những năm 1960, phòng sạch hiện đại của Whitfield đã tạo ra doanh thu hơn 50 tỷ đô la Mỹ trên toàn thế giới (khoảng 430 tỷ đô la ngày nay).
Phân loại phòng sạch
Đây là một phần kiến thức rất quan trọng khi chuẩn bị thiết kế và xây dựng công trình sạch. Bạn cần biết công trình mình chuẩn bị xây dựng ứng dụng cho ngành nào và ngành đó thì cần cấp độ sạch bao nhiêu theo tiêu chuẩn. Ví dụ như nếu bạn đang muốn xây một nhà máy điện tử thì bạn cần phải biết nó phải đạt cấp độ sạch nào. Từ đó mới áp vào các tiêu chuẩn phù hợp với cấp độ sạch đó và mọi quá trình về sau cũng đều phụ thuộc vào nó.